El criollo vistió el uniforme de tres organizaciones durante su etapa en la MLB.
Jonathan Herrera, se colocó el uniforme de los Rockies de Colorado el 30 de abril de 2008 para convertirse en el venezolano 122 en debutar en el beisbol de Las Grandes Ligas.
El criollo jugó un total de siete temporadas, formando parte de los Rockies de Colorado, Medias Rojas de Boston y Cachorros de Chicago, este último lo vio colgar los guantes.
Herrera, culminó su carrera con 490 juegos disputados, donde bateó 311 imparables, entre ellos 34 dobles, 10 triples, 10 jonrones, 89 carreras impulsadas y un average de .259.
A pesar de no haber sido un pelotero llamativo, el infielder tuvo una excelente etapa con los rocosos, puesto que formó parte de ellos por cinco contiendas.
El nativo de Maracaibo se retiró el nueve de septiembre de 2015 con el uniforme de los Cachorros de Chicago.
