Christian Toni asumió la presidencia de Estudiantes de Mérida el 5 de mayo de 2016 junto a su hermano César Toni como vicepresidente y su tío Ramón Toni como gerente general, con el objetivo de devolverle la gloria perdida a unos de los clubes con más historia y arraigo del fútbol venezolano.
Bajo su gestión, los “académicos” abandonaron los últimos lugares de la tabla de posiciones y comenzaron a competir por los primeros puestos y los cupos a las competiciones internacionales.
En la campaña 2019, los en aquel momento dirigidos por el estratega argentino Martín Brignani conquistaron el título del Torneo Apertura tras imponerse en la final 0-2 a Mineros de Guayana desde la tanda de penales, luego de empatar a cero en la ida y en la vuelta.
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Tras la obtención del cetro, la oncena cayó en la final absoluta ante el Caracas FC, en un choque que también fue definido desde los doce pasos.
En lo respecta a las competiciones internacionales, los merideños disputaron la fase de grupos de la Copa Libertadores en 2020, así como la primera fase de la Copa Suramericana en 2018 y 2019 y a la segunda en 2020.
Por otra parte, Christian Toni celebró los primeros 50 años de vida de Estudiantes, en 2021, siendo el equipo más antiguo del Futve y con par de campeonatos de liga.
